新版GMPの要求によると、A級またはB級に使用された消毒剤は、除菌濾過を行う必要がある。しかし消毒剤は往々にして酸化性や腐食性があり、要求に基づく、消毒剤とカートリッジの化学適合性を考察しなければならない。Cobetterは大量の消毒剤とカートリッジの化学適合性バリデーションを完了した。
塩素消毒剤：84消毒液、ClO₂、NaClO等。
過酸化物類消毒剤：H₂O₂、CH3COOOH、CH3COOH、H₂O₂、活性酸素（固体）、 O₃等。
アルデヒド類消毒剤：HCHO、C5H8O2、H2SO4/HCl酸化強化C5H8O2等。
フェノール類消毒剤：C6H5OH、CH3C6H4OH 等。
アルコール類消毒剤：C₂H₆O、C3H8O等。
第四級アンモニウム塩類消毒剤：C21H38BrN、austarのANIOS（A/B）、austarのMPD、舒美QB（クオタニウム＋ビグアニド）、優潔V80等。
ヨード類消毒剤：ヨードフォア（2%ヨウ素の水溶液）等。
ビグアニド類消毒剤：クロルヘキシジン（C22H30Cl2N10）等。
ヘテロ環ガス消毒剤：エチレンオキシド等。
其の他消毒剤：過マンガン酸カリウム等。
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