新版GMPの要求によると、A級またはB級に使用された消毒剤は、除菌濾過を行う必要がある。しかし消毒剤は往々にして酸化性や腐食性があり、要求に基づく、消毒剤とカートリッジの化学適合性を考察しなければならない。Cobetterは大量の消毒剤とカートリッジの化学適合性バリデーションを完了した。
塩素消毒剤:84消毒液、ClO₂、NaClO等。
過酸化物類消毒剤:H₂O₂、CH3COOOH、CH3COOH、H₂O₂、活性酸素(固体)、 O₃等。
アルデヒド類消毒剤:HCHO、C5H8O2、H2SO4/HCl酸化強化C5H8O2等。
フェノール類消毒剤:C6H5OH、CH3C6H4OH 等。
アルコール類消毒剤:C₂H₆O、C3H8O等。
第四級アンモニウム塩類消毒剤:C21H38BrN、austarのANIOS(A/B)、austarのMPD、舒美QB(クオタニウム+ビグアニド)、優潔V80等。
ヨード類消毒剤:ヨードフォア(2%ヨウ素の水溶液)等。
ビグアニド類消毒剤:クロルヘキシジン(C22H30Cl2N10)等。
ヘテロ環ガス消毒剤:エチレンオキシド等。
其の他消毒剤:過マンガン酸カリウム等。